Bei der Sequenzierung fehl, bemerkt eine seltene Krankheit: die Kombination von proteomics, genomics verbessert die diagnostische Genauigkeit für angeborene Neutropenie

Routine-Sequenzierung gegeben hat, beispiellose Einblicke in die Genetik seltener Krankheiten, aber genomics fehl zu diagnostizieren bis zur Hälfte der Patienten, die getestet sind. Das ist das problem der deutschen Wissenschaftler in Angriff genommen in einer aktuellen Studie in der Zeitschrift Molecular & Cellular Proteomics. Mit Proben von Patienten in vier Ländern und eine neuartige Datenbank, die auf die Neutrophilen Proteom, Sie waren in der Lage, um genetische Diagnosen für zwei Kinder mit schweren angeborenen Neutropenie denen typische Sequenzierung versagt hatte.

„Es gibt sehr wenige Beispiele von Menschen, die mehrere ‚-omics‘ zu untersuchen, seltene Krankheiten, … (aber) ich denke, das ist die Zukunft der personalisierten Medizin“, sagte senior-Autor Christoph Klein, ein Arzt und der Direktor der Kinderklinik der Universität München.

Die Patienten, die‘ Krankheit wirkt sich auf Ihre Neutrophilen Granulozyten, weiße Blutkörperchen verpackt mit toxischen Proteine bereitzustellen, die gegen Bakterien. Wenn die Neutrophilen-Entwicklung ist gestört, die Klein Schätzungen passiert 1 von 200.000 Neugeborenen, jede bakterielle oder pilzartige Infektion kann zu einem lebensbedrohlichen medizinischen Notfall.

Neutrophile Granulozyten sind zerbrechlich, das macht Sie schwer zu studieren. Postdoc-Forscher Sebastian Hesse entwickelt ein Protokoll zu sammeln, die Proteine von gesunden Neutrophilen Granulozyten. Dann Wissenschaftler unter der Leitung von Piotr Grabowski in Juri Rappsilber ‚ s proteomics-Labor an der Technischen Universität Berlin nutzten diese gesunde Zellen zur Etablierung einer baseline-neutrophilenzahl Proteom.

Dann, Hesse gesammelt Neutrophilen Granulozyten von 16 Patienten mit kongenitaler Neutropenie. Einige von Ihnen lebten in Deutschland; zu erreichen, andere, er hatte zu Reisen, so weit wie die Türkei und der Iran. Masse spectrometrists wiederholt die gleichen Proteom-assay zu vergleichen, die Patienten Neutrophilen Granulozyten zu Freiwilligen‘.

Das team abnorme protein-Profilen zu diagnostizieren, zwei Patienten mit nicht eindeutig exom-Sequenzierung Ergebnisse. In einem Kind der Fall ist, eine pseudogene machte es schwierig, zu identifizieren, die Mutationen in den protein-kodierenden Gens; in der zweiten, unvollständigen Abdeckung durch exom-Sequenzierung verpasst hatte, einen wichtigen Punkt-mutation. Daten, die auf protein-fülle in jeder patient führte die Forscher zu führen sekundäre genetische Analysen erwies sich als schlüssig.

Diese beiden Mutationen sind bekannt, die Ursachen der Neutropenie. „Dies zeigt deutlich, (dass) auch wenn Sie sehr kontrolliert Rohrleitungen für genetische Studien, es gibt immer ein Risiko, dass Sie nicht 100 Prozent richtig“, sagte Klein. In einem neuen Papier wird das team Bericht über neuartige genetische Ursachen für die Neutropenie gefunden mit der proteogenomic Technik.

Kombiniert Proteom-und Genom-screening ist noch nicht praktisch für jeden Patienten. „Aber, wenn man sich die Maschinen, die zurzeit entwickelt werden, ich denke, es wird sein enormes Potenzial für die Proteom-Analyse auf einem sehr niedrigen Kosten die Straße hinunter,“ Klein sagte.

Diese Forschung wurde unterstützt durch die Deutsche Forschungsgemeinschaft, Deutsches Netzwerk für Primäre Immundefizienz-Erkrankungen, die Care-for-Rare Foundation und der Wellcome Trust.

Andere Autoren sind Sebastian Hollizeck, Merino Rohlfs, Uta Behrends, Roya Sherkat, Hannah Tamary, Ekrem Ünal, Raz Somech, Türkan Pat?ro?lu, Stefan Canzar, und Jutte van der Werff Ten Bosch.